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关于使用杀毒软件保护系统安全的问题，目前存在着两种极端:一种认为杀毒软件的实时监控会占用大量系统资源，影响系统运行速度，所以干脆不安装任何杀毒软件以换取系统性能;一种则是把计算机安全环境考虑得过于严峻，于是把杀毒软件、防火墙、反木马程序、隐私保护程序一股脑的安装到系统中，惟恐系统保护得不够严密。但草木皆兵不但耗费了大量的系统资源，多少还会影响使用电脑的心情。其实我们完全可以采用功能强大，系统资源占用少的防病毒软件，再加以合理的设置，这样既可以保证系统的安全，又能解决系统资源占用过多的矛盾。
选择优秀的杀毒软件
功能强大和占用资源少一直是杀毒软件的一对矛盾，好像既要马儿跑，又要马儿不吃草的味道。不过目前的杀毒软件都兼顾到了这两点，如卡巴斯基和江民的KV系列杀毒软件，对于系统内存的占用在大多数情况下只有数百KB到数MB之间，这么少的系统资源消耗对于目前的绝大多数电脑来说都开销得起。
合理设置实时监控
现有的网络病毒十分猖獗，对安全的威胁来自多方面，这就需要杀毒软件具备多项实时监控能力。以KV2006为例，它的实时监控就包括了文件监视、邮件监视、隐私保护、木马/注册表监视、网页监视等七项，如果把它们全部打开的话资源消耗自然小不了。一般来说，文件监视和网页监视是必不可少的，而像邮件监视这样的项目，如果很少收发邮件或只使用Web方式收发邮件，完全可以关闭它。其它的监视项目可以根据自己的实际情况来取舍。
优化杀毒速度
现在的硬盘堪称海量，存储的数据量也十分庞大，杀毒软件全面扫描一次耗时很长(如卡巴斯基)，让人觉得等起来很累，这也是许多人不愿意用杀毒软件的原因。其实，只要我们留意一下杀毒软件的选项，就可以发现杀毒速度是可以提高的。
在KV的“江民杀毒软件方案编辑器”中有一个“扫描目标”选项卡.我们可以把“解压检查”取消，因为软件检查压缩包的耗时非常长。即使压缩包中有病毒，病毒也不会发作，当把病毒解压出来的时候也会被实时监控检测到，对系统安全不会构成威胁。基于同样的道理，我们还可以在“文件过滤”选项中，增加一些扫描排除文件类型，如ISO镜像文件，MPG、AVI等视频文件，MP3等音频文件，JPG等图像文件，这些文件在电脑中为数不少，而带毒的可能性却比较小。经过这样的设置，杀毒软件的扫描速度会得到大幅的提高。
选择合适的查毒时机
对任何杀毒软件来说，杀毒都是一项费时费力的活儿，而很多杀毒软件在安全上考虑得比较保守，默认设置大都是一天查一次病毒。对普通用户来说，这确实有些多余，一周查一次就足够了。另外，像KV2006和金山毒霸等软件，都具备屏保查毒功能/我们不妨开启这项功能，让软件在电脑空闲的时候自动查杀病毒，这样可做到工作杀毒两不误。KV2006还有“智能提速”功能，开启该功能后在第一次扫描病毒时会花较多时间，但以后就可以大幅提高扫描速度了，因为杀毒软件会自动跳过一些它认为不会感染病毒的文件，速度自然就快了。
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